Il Presbiterio
 
Il Presbiterio sopraelevato sopra la cripta è separato dal resto della chiesa da una superba iconostasi in marmi policromi;
  al centro dell'architrave si ammira una croce in bronzo e argento con ai lati la Madonna, S. Giovanni e i 12 Apostoli, capolavori di Jacobello e Pier Paolo Dalle Masegne (1396). L'altare custodisce l'urna con le spoglie dei S. Marco: le spoglie furono ritrovate nel 1811 dentro ad una pietra della cripta durante alcuni lavori di restauro. Il ciborio con baldacchino è sorretto da 4 colonne in alabastro scolpite con episodi dei vangeli Apocrifi e canonici, tra i secoli V e XII. Dietro l'altare maggiore si trova la Pala d'oro (m. 1.40x3.48) un capolavoro di oreficeria bizantina e veneziana, iniziata nel X secolo e terminata nel 1342. Un inventario del 1796 riporta che nella pala sono incastonate 1300 perle, 400 granati, 300 zaffiri, 300 smeraldi, 90 ametiste, 75 balasci, 15 rubini, 4 topazi, 2 cammei e 80 smalti. Ai lati del presbiterio si trovano altre iconostasi che precedono la Cappella di S. Clemente e di S. Pietro. La Madonna Nicopeia, operatrice di vittoria, è venerata nell'omonima cappella: è un'opera bizantina dell'inizio del XII secolo e fa parte del bottino della IV crociata, proveniente da Costantinopoli.